繁华大都会美国纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板埃里克·萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。第6频道女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，在第二次遭遇非常事件时，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……

就如同桃太郎率领着猴子、雉鸡、狗打倒妖怪一样，本作的主人公咚桃太郎率领着猿兄弟、雉兄弟、犬兄弟以及鬼妹妹这四名个性截然不同的伙伴，和他们一起为了保护人类，为了实现自己的愿望而战斗。他们的对手是因拥有过度的欲望而被欲望吞噬的人类变成的怪物“人鬼”，以及想将人鬼从人类世界消除的神秘组织“脑人”。某天，高中生漫画家鬼头遥香意外获得神秘力量后变身为鬼妹妹，完全摸不清头绪的她在神秘人桃井阵的引导下，了解到自己被选为了战士，还有四名战友。但是首先是要找到一个名为桃井太郎的人。一头雾水的遥香走上了寻找桃井太郎的道路。而