1873年的美国西部，杰克·洛根（丹尼尔·克雷格 Daniel Craig 饰）突然醒来，发现自己身处荒漠。自己为什么会在这儿，完全不记得了，身上仅有手腕上的一个神秘金属装置。为了找回失去的记忆，杰克回到了小镇上。但是他发现小镇上的居民对他却不怎么友好，而且想要在小镇上呆下去，必须得到伍德罗（哈里森·福特 Harrison Ford 饰）这位小镇开拓者的首肯才行。可是，最恐怖的事情却发生了，几艘诡异的外星飞船突然出现，并用劫掠走了小镇上的很多人。这时，杰克突然触动了手腕上的金属装置，将一艘外星飞船打了下来

俄美两国策划一起反恐行动，派出特种部队擒获了掌握核武器的哈萨克王国独裁者伊万•雷迪克将军。数周后的庆功宴上，曾为越战老兵的美国总统詹姆斯•马舍尔针对恐怖分子和独裁政权发表了强硬而精彩的演说。莫斯科之旅圆满结束，总统一家及其政要乘空军一号返回美国，同行的还有艾格带队的俄罗斯媒体工作人员。安全人员百密一疏，艾格的真实身份是效忠于雷迪克将军的恐怖分子。飞机起飞后，艾格和同伴们劫持飞机.

19年后，印第安纳琼斯博士再次启程，旨在将黄金城埃克托王国遗失的水晶骷髅头骨归还原地——传说中，归还圣物者将被赐予巨大力量。

中国，印第安纳琼斯博士与上海黑帮老大交易，对方在换得努尔哈赤的骨灰后便背信弃义，欲灭琼斯之口。关键时刻，机灵小鬼豆丁救下琼斯博士和无故卷进的一位歌女威莉。由于三人乘坐的飞机失事，跳机后，乘着橡皮艇，他们竟漂流到了印度的一个村子。这里河水干涸，庄稼尽毁，饥荒横行，民不聊生。当地人将之归咎为彭高皇宫的妖孽作怪，并将“从天而降”的琼斯一行视为神灵的化身，他们请求琼斯帮他们拿回被掳走的圣石和所有的小孩子。魔宫果然充满古怪，统治者是个小屁孩，贵族们吃水蛭、巨蟒、甲虫、猴脑，皇宫内部更是机关重重，误打误撞间，他们目睹

影片讲述一架私人飞机被暴风雨所阻，降落在荒无人烟的小岛上，男飞行员奎因·哈里斯和女乘客萝苹·梦露在荒岛共同度过六天七夜的浪漫爱情故事。