《神秘博士第7季》的故事十分精彩。2012年秋季开篇，第十一任博士与艾米、罗里继续他们的时空冒险，前5集是独立的精彩故事。在第5集，艾米和罗里遭遇“哭泣天使”，这对相伴许久的伙伴就此离开。圣诞特别篇中，新同伴克拉拉登场，她的出现为博士的冒险带来新色彩。进入2013年，后续8集围绕博士与克拉拉的冒险展开。他们穿梭于不同时空，面对各种奇异生物与复杂困境，克拉拉独特的性格和智慧，在关键时刻多次助力博士。在一次次惊险刺激的冒险中，博士与克拉拉的默契不断加深，两人携手守护宇宙和平，共同谱写一段段令人称奇的时空之旅。

在艾米和罗里被哭泣天使送回到过去、维多利亚时代的克拉拉坠楼身亡后，深受打击的第十一任博士决定销声匿迹。但没过多久，“死过两次的女人”的诱惑让博士重新振作起来。博士与即将离开的艾米和罗里驾驶着塔迪斯完成了最后一次动人心魄的冒险，他们面对各种各样的戴立克、恐龙、狂野西部枪战、外星立方体，还遇到了神奇女孩克莱拉，在古老的庄园博士解救了“幽灵”时间旅行者...最后他们还要面对在纽约的数量众多的哭泣天使，在这一场无比艰难的战斗中，博士虽然再一次成功拯救了地球和地球上的人类，但与此同时，他也要面对令他心碎的时间定点事